其实，广东省卫生厅在接到河源报告后的当天就派了一个以广州医学院呼吸疾病研究副所长肖正伦为组长的专家小组前去调查。调查小组在第二天早晨写出了一个报告，认为是一个局部爆发的不明原因的肺炎，而且肯定这个病有一定的传染性。但这个报告没有了下文，也没有形成任何文件传达到各地市级卫生医疗单位。结果半个月后，中山市开始报告该市三家医院收治了一批以发热、肺部感染症状为主、病因不明的患者，且有多名医务人员感染。广东省卫生厅再次组织专家小组前往调查，组长仍是肖正伦。
专家组在1月21日写出了《关于中山市不明原因肺炎调查报告》，命名该病为“非典型肺炎(病因未明，病毒性感染可能性大)”。当地媒体报道广东省卫生厅1月23日以“粤卫办2号文”将这份报告印发至各地级以上市卫生局和省直、部属驻穗及厅直属医疗卫生单位，但中途不幸滞留，直到1月底才到达广州各大医院。此时的中国已经临近一年一度最重大的传统节日春节了。
2月11日，广东省卫生厅厅长黄庆道在新闻发布会后接受采访，在回答记者为什么政府部门到现在才对外发布非典型肺炎病情报告的提问时说，一是因为河源、中山等地的患者经过治疗大多已康复或好转，且没有再发病；其次是非典型肺炎并不是法定报告传染病，所以认为没有必要公布。“发病人数305例并不算多，不公布也可以，”黄庆道说。“现在因为社会影响很大，所以才决定公布。”
所谓“社会影响很大”，是指春节假期之后在广州出现了各种各样的“不明病毒袭击广州”的传言，市民大规模抢购药品、板蓝根及醋的现象。
这种现象并不是第一次出现。早在1月初的河源及1月中旬的中山，两市都先后出现过类似的传言和抢购风潮。当地政府均很快出面辟谣，说“没发生什么流行病毒”，或“根本没有流行什么肺炎，这都是谣言”。辟谣成功地抑制了抢购。但是，显然不能将传言统统称为谣言，因为传之有据。到2月上旬，在广州不少大医院，已经住了许多“非典”病人，全省总共有上百名医护人员受到感染。
但是，新闻发布会的主题是广东疫情已经得到控制。当时正值中国巴西足球赛要在广州举行，黄庆道表示非典型肺炎对球赛没有任何的影响。他说，对于一个7000万人口的大省，仅发现305例病例，比任何一种需要上报的传染病如痢疾、流感等都要少；非典型肺炎不是烈性传染病，没有列入法定传染病之列，全省居民的生活、工作、生产不受影响，球照踢、学照开、班要上。黄庆道并强调非典型肺炎在广东没有“蔓延”，只是“局部发生”。
广东疫情得到控制的公开说辞也因此传到中国的其他省市以及海外，其后广州中山二院肾内科医生刘剑伦入住香港酒店后，将病毒传染给了其余6名不同国籍的人。这些被传染者又将病毒通过国际旅行带到了加拿大、新加坡、越南。按照后来世界卫生组织对排除疫区的三大标准，其中之一就是不能有向其他国家或地区输出的病例，但这一点广东省卫生部门显然没有做到。
就在广东省卫生部门向世人宣布广东疫情已经得到控制的同时，广州市的各大医院陷入到前所未有的紧张气氛中。在广州这次抗“非典”过程中，中山二院和中山三院是“受灾”最严重的两家医院。中山二院总共有93名医务人员病倒，包括该院数位院级领导和主任医师。中山三院则有30多名。
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