武德四年（621年）十一月，李靖越过南岭，到达桂州（今属广西），派人分道招抚，所到之处，皆望风归降。大首领冯盎、李光度、宁长真皆派遣子弟求见，表示归顺，李靖承制都授以官爵。于是连下九十六州，所得民户六十余万。自此，“岭南悉平”。李渊下诏劳勉，授任岭南道安抚大使、检校桂州总管[13]。[14]
李靖以为南方偏僻之地，距朝廷遥远，隋末大乱以来，未受朝廷恩惠，若“不遵以礼乐，兼示兵威，无以变其风俗”，遂率其所部兵马从桂州出发南巡，所经之处，李靖亲自“存抚耆老，问其疾苦”，得到当地人民的拥护，于是“远近悦服”，社会安定。
武德六年（623年）七月，原投降唐朝的农民起义军将领杜伏威、辅公祏二人不和，辅公祏乘杜伏威入朝之际，窃据丹阳（今江苏南京），举兵反唐。李渊命李孝恭为帅，李靖为副帅，率李勣等七总管东下讨伐。辅公祏派大将冯惠亮率三万水师驻守当涂（今安徽当涂），陈正道率二万步骑驻守青林，从梁山用铁索横亘长江，以阻断水路。并筑造建月城，绵延十余里，以为犄角之势。李孝恭召集诸将议军事，诸将都说：“冯惠亮、陈正通都掌握了强大的兵力，是想守险不战，因此构城筑垒而固守，仓猝之间是不能攻取的。不如直指丹阳，掩袭辅公祏的巢穴，丹阳一旦攻破，冯惠亮等人自然不战而降。”李孝恭想采纳诸将的意见。[15]
李靖透辟地分析了敌方形势，认为“辅公祏的精锐兵力，虽然集中在水、陆二军，然而他自己统帅的军队，也都是骁勇的士卒。冯惠亮等驻守的城栅尚且不能攻取，辅公祏已经固守的石头城，难道是可以轻易攻取的吗？如果我军直奔丹阳，旬月之间都不能攻下而滞留在那里，前面的辅公祏没有平定，后边的冯惠亮也是一大隐患，这样我们就会腹背受敌，恐怕不是万全之计。冯惠亮、陈正通都是身经百战的贼将，决不会害怕野战，只因为辅公祏立下计谋，命令他们持重防守，只想不出战拖延时间使我军疲劳。现在如果我们进攻冯惠亮、陈正通的城栅，就可以打他个出其不意，消灭敌贼的机会，只在此一举。”[16]
李孝恭赞同李靖的意见。李靖于是率黄君汉等将领先攻打冯惠亮，苦战击破冯惠亮，叛军被杀伤和溺死者万余人，冯惠亮败走。李靖率轻兵先至丹阳，辅公祏大惧，派遣将领左游仙领兵守会稽作为援助，辅公祏拥兵东走，去往游仙，到了吴郡，辅公祏、冯惠亮、陈正通相次被擒获，江南悉平。李渊为了嘉奖李靖的军功，赐物千段，并赐奴婢一百口，良马一百匹。设立东南道行台，授任他为行台兵部尚书。李渊十分钦佩他的军事才干，极口赞叹说：“李靖乃萧铣、辅公祏的膏肓之病，古代名将韩信、白起、卫青、霍去病，没有一个能比得上李靖！”
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